A Kecskeméti Labdarúgó Akadémia 2011 januárjában nyitotta meg kapuit, első körben a Petőfivárosban, ahol 25 gyermek optimálisa felkészülését, tanulását és pihenését elősegítő környezetet alakítottak ki. Az akadémia születésére nagy hatással voltak a KTE sikerei, hiszen a felnőtt csapat 2008-ban feljutott az élvonalba, ezzel ugrásszerűen megnőtt a labdarúgás népszerűsége a városban, a kezdeti 200-as létszámról nagyjából 1000-re.
A megfelelő tömegbázis megteremtése után, 2011 decemberében elindult az akadémiai „ELIT” képzés, melynek keretében egy többéves program került beindításra. A klub által kiválasztott játékosok a szerződéses középiskolákban, egyéni tanrend alapján tanulhatnak, biztosítva számukra a délelőtti foglalkozás lehetőségét. Bár az akadémia időközben átköltözött a kecskeméti Sport Hotelbe, a komfortos ellátás nem változott, a gyerekek így még közelebb kerültek a Széktói Stadionhoz, vidéki tehetségeink számára minden körülmény adott, hogy a pályán és az iskolapadban is megállják a helyüket, később akár a KTE felnőtt keretéig, vagy akár még messzebb eljussanak.
Az utánpótlás 3 fő szekcióra bontva működik. Az első kiválasztás U6-os korosztályban kezdődik, de itt még a fő szempont, minél több gyermek megnyerése a labdarúgás számára, illetve részükre a rendszeres, szervezett testmozgás biztosítása. A minőségi szelekció az U8-U9-es korosztályban kezdődik, a cél az, hogy a legtehetségesebbek futballozhassanak együtt. Az ELIT képzésben jelenleg mintegy 200 játékos részesül képzésben és oktatásban, és reprezentálja a kecskeméti utánpótlás felső korosztályait.
Az akadémia több szervezeti átalakítást is megélt az évek során, 2013-ig a KTE-hez tartozott, ekkor a teljes versenyeztetás átkerült a KLC-KTE SI-hez. 2018-ban egy új önkormányzati és támogatói szerepvállalással immáron önállóan működik az utánpótlás a Kecskeméti Labdarúgó Akadémia Nonprofit Kft. égisze alatt.
